Tommy Lee Jones ve Will Smith, kötülük savaşçısı süper ajanlar Kay ve Jay olarak tekrardan siyahlar içinde karşımızdalar. Onlar dünyadaki tüm uzaylı faaliyetlerin düzenleyicileridir. Son görevleri: dünyayı galaksiler arası bir felaketten kurtarmaktır! Firari bir Kylothian canavarı, iç çamaşırı modeli olarak kimliğini gizleyip, insan ırkını tehdit ettiğinde, MIB’deki çocuklar, öne çıkarlar ve bu durumlar ilgilenirler.